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如何選擇合適的瓊脂糖?

更新時(shí)間:2025-05-08      點(diǎn)擊次數(shù):118
Genaxxon 提供多種高質(zhì)量瓊脂糖,所有瓊脂糖均具有低硫酸鹽含量和低 EEO(電內(nèi)滲)值。它們普遍適用于所有凝膠緩沖液系統(tǒng),當(dāng)然也不含 DNase 和 RNase。
仍然不確定哪種瓊脂糖適合您的實(shí)驗(yàn)?下面的圖表和選擇指南將幫助您為您的應(yīng)用做出的選擇。

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瓊脂糖凝膠電泳:實(shí)用概述

瓊脂糖凝膠的制備首先將瓊脂糖溶解在電泳緩沖液(TAE 或 TBE)中。冷卻后,瓊脂糖形成凝膠,其孔徑直接取決于瓊脂糖濃度。濃度越高,毛孔越小,ge l 越緊。這種特性會(huì)影響分子的分離 – 較大的 DNA 片段比較小的 DNA 片段在凝膠中被阻擋得更多。

凝膠電泳的原理

在電場(chǎng)中,帶負(fù)電的 DNA 分子通過凝膠的孔向正極遷移。較小的分子比較大的分子更快地通過孔,從而實(shí)現(xiàn)基于尺寸的分離。

可視化和文檔

SafeGel 等熒光染料可替代有毒的溴化乙錠,使 DNA 條帶可視化。DNA 條帶的分析是使用 DNA 分子量標(biāo)準(zhǔn)作為大小和濃度的參考來完成的。

影響因素:瓊脂糖和緩沖液

除了瓊脂糖濃度外,瓊脂糖的帶電基團(tuán)和使用的電泳緩沖液也會(huì)影響 DNA 分子分離:
  • 瓊脂糖的帶電基團(tuán)(丙酮酸和硫酸鹽基團(tuán))決定了電內(nèi)滲(EEO 值)

  • 負(fù)硫酸根離子與凝膠基質(zhì)結(jié)合,而陽離子(K+、Na+)可自由移動(dòng)。在電泳過程中,兩組相互移動(dòng),導(dǎo)致不需要的制動(dòng)效果。因此,高 EEO 值(例如,瓊脂糖中的高硫酸鹽含量)會(huì)減慢 DNA 遷移并導(dǎo)致條帶拖尾。

  • TAE 緩沖液:具有低離子強(qiáng)度和低緩沖能力。建議用于分離較大的 DNA 分子(從 1 kb 開始),以及之后分離分離的 DNA 時(shí)。

  • TBE 緩沖液:具有高離子強(qiáng)度和高緩沖能力。它與較小的 DNA 分子形成更清晰的條帶,推薦用于分離小 DNA 分子 (<1kb)。


GENAXXON 提供以下用于 DNA 分子分離的瓊脂糖:


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1. 高分辨率瓊脂糖


  • 能夠分離小至 2-3 個(gè)堿基對(duì)的差異。

  • 凝膠濃度最高可達(dá) 4%。

  • 高分辨率瓊脂糖可與其他瓊脂糖混合。

  • 將 Agarose Tiny (M3046) 添加到 Agarose LE (M3044) 中可顯著提高分離性能和分離度。

  • Agarose Tiny (M3046) 可以替代聚丙烯酰胺凝膠。


Genaxxon 提供幾種高分辨率瓊脂糖:
  • M3046 – 微小瓊脂糖

  • M3047 – 瓊脂糖 Tiny HT



低熔點(diǎn)瓊脂糖

瓊脂糖的熔解和凝膠化溫度會(huì)受到化學(xué)修飾的影響,通常會(huì)減少負(fù)責(zé)交聯(lián)瓊脂糖扭曲多糖鏈的氫鍵數(shù)量。修飾程度直接影響瓊脂糖的熔解和凝膠溫度。
低熔點(diǎn)瓊脂糖的特殊性質(zhì):
  • 與標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖相比,形成具有更高透明度的凝膠。

  • 由于熔點(diǎn)低,非常適合從凝膠中快速提取 DNA。

  • 適用于使用酶進(jìn)行“凝膠內(nèi)"DNA 處理。

  • 非常適合使用凝膠提取試劑盒從凝膠中重新分離 DNA 和 RNA。

  • 適合用 β-瓊脂酶消化。

  • 可以輕柔地分離大的 DNA 片段。

  • 適用于細(xì)胞和組織培養(yǎng)(M3049 – Agarose LM – 低熔點(diǎn))。

  • 非常適合噬菌體噬菌斑測(cè)定。



GENAXXON 提供兩種低熔點(diǎn)瓊脂糖:
  • M3046 – 微小瓊脂糖

  • M3049 - 瓊脂糖 LM – 低熔點(diǎn)



GENAXXON 瓊脂糖的應(yīng)用


1. 印跡(Southern Blot)
首先用限制性內(nèi)切酶消化 DNA,然后通過瓊脂糖凝膠電泳分離。堿性處理將分離的 DNA 分裂成單鏈,然后將其轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜上(印跡)。添加與靶序列互補(bǔ)的標(biāo)記 RNA 探針。如果序列存在于膜上,則探針與其結(jié)合(雜交),并且可以根據(jù)標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)。

推薦用于印跡實(shí)驗(yàn)的瓊脂糖:
  • M3044 – 瓊脂糖 LE(標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖)

  • M3054 – 瓊脂糖 LE 片劑

  • M3047 – 瓊脂糖 Tiny HT

  • M3051 – 瓊脂糖 Mega



2. PFGE(脈沖場(chǎng)凝膠電泳)
PFGE 是一種確定染色體 DNA 片段大小 (30-50kb)、遺傳指紋圖譜、細(xì)菌基因組分型或病原體鑒定的方法。與正常瓊脂糖凝膠電泳的不同之處在于使用周期性反轉(zhuǎn)的電場(chǎng),這顯著提高了 30-50 kb 范圍內(nèi)的分辨率。

推薦用于 PFGE 的瓊脂糖:
  • M3051 – 瓊脂糖 Mega


3. 噬菌體噬菌斑測(cè)定
噬菌斑測(cè)定可檢測(cè)和定量感染性病毒。 對(duì)于細(xì)胞培養(yǎng):孵育含毒的瓊脂糖層,孵育后刮掉瓊脂糖并對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色。病毒斑塊表現(xiàn)為透明斑點(diǎn)。 對(duì)于細(xì)菌培養(yǎng):將敏感細(xì)菌與瓊脂糖混合并鋪板,然后加入病毒(噬菌體)。孵育后,噬菌體噬菌斑被評(píng)估為透明斑點(diǎn)。

推薦用于噬菌體噬菌斑測(cè)定的瓊脂糖:
  • M3049 – 瓊脂糖 LM – 低熔點(diǎn)


4. 免疫擴(kuò)散
免疫擴(kuò)散是一種用于檢測(cè)抗原抗體反應(yīng)的免疫化學(xué)測(cè)試。一種流行的方法是 Ouchterlony 測(cè)試,將抗原和抗體移液到瓊脂糖涂層玻璃板上的預(yù)打孔中,然后它們相互擴(kuò)散。在抗原和抗體以同等濃度相遇的地方形成沉淀線。

推薦用于免疫擴(kuò)散的瓊脂糖:
  • M3051 – 瓊脂糖 Mega


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